Виктор Иванович Ишаев родился 16 апреля 1948 г. в с. Сергеевка Анжеро-Судженского района Кемеровской области. Трудовую деятельность начал в 1964 г. на Хабаровском судостроительном заводе судосборщиком. В 1979 г. окончил Новосибирский институт инженеров водного транспорта, был назначен начальником планово-диспетчерского отдела, затем работал начальником отдела материально-технического снабжения, заместителем главного инженера, заместителем директора завода.

В 1988 г. В. И. Ишаев был избран директором Хабаровского завода строительных алюминиевых конструкций имени Сидоренко. В мае 1990 г. он был утвержден в должности первого заместителя председателя Хабаровского крайисполкома - стал начальником главного управления по экономике. 24 сентября 1991 г. Указом президента Российской Федерации Виктор Иванович был назначен главой администрации Хабаровского края.

В ноябре 1993 г. Виктор Иванович был избран депутатом Совета Федерации от Хабаровского края. В январе 1994 г. своим решением прекратил деятельность краевого Совета народных депутатов - "исходя из общественно-политической необходимости". В апреле 1995 г. вошел в оргкомитет движения "Наш дом - Россия" (НДР), в мае был избран членом совета НДР, в декабре - членом совета движения "Реформы - новый курс".

В январе 1996 г. В. И. Ишаев вошел в состав Совета Федерации, являлся членом Комитета Совета Федерации по международным делам. Занимал этот пост до декабря 2001 г.

В декабре 1996 г. большинством населения края Виктор Иванович был избран главой администрации. В сентябре 1998 г. в составе группы из восьми российских губернаторов привлечен к участию в работе Президиума правительства России.

В сентябре 2000 г. В. И. Ишаев был включен в состав президиума Государственного Совета Российской Федерации. Занимал этот пост до марта 2001 г.

10 декабря 2000 г. Виктор Иванович был вновь избран на пост главы администрации Хабаровского края (за него проголосовали более 87 процентов избирателей). В ноябре 2001 г. в соответствии с законом Хабаровского края № 339 от 31.10.01 "О внесении изменений и дополнений в Устав Хабаровского края" В. И. Ишаев стал губернатором края.

В октябре 2007 г. В. И. Ишаев возглавил список кандидатов "Единой России" в Хабаровском крае и Еврейской автономной области на выборах в Государственную Думу РФ пятого созыва. 2 декабря 2007 г. он принял участие в выборах, однако после победы партии от депутатского мандата отказался.

В 2009 г. Виктор Иванович назначен полномочным представителем президента РФ в Дальневосточном федеральном округе, с 21 мая 2012 года совмещал её с должностью министра по развитию Дальнего Востока в правительстве Дмитрия Медведева. С этих постов шёл в отставку в августе 2013 г.

В сентябре 2013 г. В. И. Ишаев назначен на должность советника президента по координации проектов на Дальнем Востоке в ранге вице-президента ОАО «НК «Роснефть».

Виктор Иванович Ишаев - председатель Российского национального комитета по Тихоокеанскому экономическому сотрудничеству, председатель совета Межрегиональной ассоциации экономического взаимодействия субъектов Российской Федерации "Дальний Восток и Забайкалье". За значительный вклад в развитие социальной сферы края и внешнеэкономических отношений он был избран действительным членом Академии социальных наук Российской Федерации и международной академии регионального развития и сотрудничества. Член-корреспондент Российской академии наук, доктор экономических наук, профессор. С 2008 года академик РАН. Награжден 5 орденами и 10 медалями. В 1998 г. В.И. Ишаев стал почетным гражданином  г. Хабаровска.