Будущий государственный деятель родился в 1860 г. в Москве в семье профессионального скульптора. Необычную фамилию Николай унаследовал от своего отца, Людвига Гондатти, итальянца по происхождению. Получив блестящее образование, был преподавателем. С этнографическими экспедициями Н. Л. Гондатти побывал на Урале, в Сибири, в Крыму, на Цейлоне, в Новой Зеландии, Китае, Японии, Сирии и Египте.
Стремление к изучению малоисследованных территорий привело в 1893 г. Гондатти на Чукотку. С этого времени его жизнь будет надолго связана с Дальним Востоком. На посту начальника Анадырского административного округа (1894-1897) Н. Л. Гондатти проявил себя деятельным администратором и отличным этнографом. За научные работы по антропологии, статистике и этнографии на Чукотке Н. Л. Гондатти был награждён золотыми медалями Академии наук и Русского географического общества.
В 1897 г. Николай Львович обосновался в Хабаровске, получив назначение чиновника особых поручений при Приамурском генерал-губернаторе, занимался переселением в Южно-Уссурийский край, был вице-губернатором Приморской области. В 1902 г. Н. Л. Гондатти – губернатор Иркутской области.
В 1909-1910 гг. Николай Львович по рекомендации главы правительства П. А. Столыпина, ценившего его деловые качества, знание Дальнего Востока, возглавил Амурскую экспедицию, главной целью которой было изучение местных условий для массового переселения крестьян из Центральной России в Приамурье, для необходимого хозяйственного освоения региона и укрепления здесь позиций России.
Экспедиция выявила и обследовала земельные угодья (на территориях Забайкалья, Приамурья и Приморья), пригодные для освоения крестьянами; наметила места основания ж/д станций, посёлков и будущих городов.
Опубликованные в Санкт-Петербурге труды Амурской экспедиции сохранили свою научную ценность до настоящего времени. Работа Н. Л. Гондатти была высоко оценена, в результате в 1911 г. он был назначен первым гражданским генерал-губернатором Приамурского края. На этом посту он много сделал для экономического, социального и культурного развития края; твёрдо отстаивал Дальний Восток России от экспансии Японии и Китая.
В марте 1917 г. Н. Л. Гондатти был смещён с должности временным революционным комитетом. С октября 1918 г. Николай Львович жил и работал г. Харбине, где и был похоронен 5 апреля 1946 г. на 86-м году жизни.
